ไฟนอลแฟนตาซี III ได้มีการนำมาทำใหม่อีกครั้งสำหรับเครื่องนินเทนโดดีเอส โดยออกวางจำหน่ายในญี่ปุ่นเมื่อ 24 สิงหาคม 2549 และวางจำหน่ายในอเมริกาเหนือเมื่อ 14 พฤศจิกายน ปีเดียวกัน ก่อนที่จะนำมาพัฒนาให้กับทางดีเอสนั้น ทางบริษัทมีแนวคิดจะพัฒนาในเครื่องเพลย์สเตชัน 2 มาก่อน[1] โดยการพัฒนาในครั้งนี้ ฮิโระมิจิ ทะนะกะ หนึ่งในผู้พัฒนาไฟนอลแฟนตาซีในรุ่นแฟมิคอมเดิมได้เป็นหัวหน้าในการพัฒนาหลัก ระบบที่พัฒนาขึ้นไม่เพียงแต่เปลี่ยนแปลงจากสองมิติเป็นสามมิติเท่านั้น ระบบยังได้พัฒนาการทำงานรับรองของเครื่องดีเอส ที่มีการใช้สไตลัสช่วยในการบังคับ ระบบแผนที่และทางวงกตใต้ดินได้ถูกพัฒนาเป็นสามมิติหมดโดยมีลักษณะที่ทำให้ใกล้เคียงกับแผนที่เดิมในภาคแฟมิคอม และมากกว่านั้นได้มีส่วนที่เป็นเนื้อเรื่องฉากเปิดและฉากปิดเพิ่มเข้ามา ระบบเกมคราวนี้พัฒนาโดยบริษัทเมทริกซ์ซอฟต์แวร์นำโดย โทะโมะยะ อะซะโนะ และขณะเดียวกันตัวละครหลักถูกออกแบบใหม่โดย อะกิฮิโกะ โยะชิดะ และได้มีชื่อของตัวละครแต่ละตัวรวมถึงประวัติที่เพิ่มเข้ามา

ข้อแตกต่างของ รุ่นแฟมิคอม และดีเอส

ระบบใหม่ที่เปลี่ยนในภาคดีเอส นี้ได้แก่ระบบกราฟิกส์ได้เปลี่ยนเป็น 3 มิติทั้งหมดและมีการปรับปรุงระบบกราฟิกส์หลายส่วน รวมถึงฉากต่อสู้ ฉากเริ่มต้น ฉากจบ และฉากพูดคุยระหว่างตัวละครกันเอง ตัวละครหลักของเกมได้มีการกำหนดชื่อและหน้าตารวมถึงประวัติส่วนตัวของแต่ละคน ระบบการเซฟเกมจะมีระบบใหม่เพิ่มขึ้นมา โดยมีระบบที่เรียกว่า "ควิกเซฟ" สำหรับการเซฟเกมที่ตำแหน่งไหนก็ได้ในเกมเมื่อเซฟเสร็จระบบจะปิดเกมให้อัตโนมัติ ระบบการเชื่อมต่อกับวายฟายที่เพิ่มขึ้นมา โดยเชื่อมต่อเข้ากับระบบ "ม็อกเน็ต" ที่ให้ผู้เล่นเกมสามารถส่งจดหมายหาผู้เล่นคนอื่นผ่านทางอินเทอร์เน็ตได้ และยังให้ผู้เล่นสามารถส่งจดหมายหาตัวละครตัวอื่นได้เช่นกัน โดยในส่วนนี้จะนำไปสู่เนื้อเรื่องย่อยที่ซ่อนอยู่ เช่นในการตามหาเครื่องรางที่หายไปขององค์หญิงซารา การตามหาโลหะในตำนานโอริคัลคุม และค้นหาดาบในตำนาน อัลทิมาเวพอน

ระบบอาชีพได้มีการเปลี่ยนแปลงให้อาชีพเริ่มต้นเป็นฟรีแลนเซอร์แทน ส่วนอัศวินหัวหอมที่เป็นอาชีพเริ่มต้นในภาคแฟมิคอมจะกลายเป็นอาชีพที่ซ่อนอยู่ โดยผู้เล่นจำเป็นต้องผ่านเงื่อนไขพิเศษ ถึงจะนำมาเล่นได้ ซึ่งในระหว่างเกมการได้มาอาชีพใหม่จากคริสตัลจะเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยเพื่อปรับความสมดุลของเกมมากขึ้น ความสามารถในแต่ละอาชีพจะมีเปลี่ยนแปลงเล็กน้อย เช่นอาชีพนินจาจะไม่สามารถใช้อาวุธได้ทุกชนิดเหมือนภาคเดิม แต่จะใช้ได้เฉพาะดาบนินจา อาชีพแต่ละอาชีพจะมีระดับของตนเอง แทนที่ระบบการใช้ C ในภาคแฟมิคอม โดยเมื่อผู้เล่นเกมใช้อาชีพนั้นบ่อย อาชีพจะพัฒนาระดับขึ้น พลังโจมตีกับพลังป้องกันก็จะเพิ่มขึ้นตาม และเมื่อผู้เล่นพัฒนาระดับอาชีพถึงระดับที่ 99 ผู้เล่นก็จะได้อาวุธหรือเครื่องป้องกันพิเศษจากแต่ละอาชีพนั้น